Annotatie

Tegenwoordig is het zoeken naar overeenkomsten tussen onbekende eiwitten en eiwitten met een bekende functie een van de basis procedures in de bioinformatica. De beschikbaarheid van een lokale BLAST server stelt ons in staat tot snelle, veilige en efficiënte annotatie van grote aantallen sequenties. Doordat Genetwister deze service lokaal gebruikt is er geen mogelijkheid voor onderschepping van informatie verstuurd over het internet en is geheimhouding van de projectresultaten gewaarborgd.

Bij Genetwister worden publiekelijk beschikbare of op maat gemaakte databases gebruikt om aan de eisen van een specifiek project te kunnen voldoen. Een methode voor visualisatie en analyse van BLAST resultaten van duizenden contigs is ontwikkeld en word routinematig gebruikt. Genetwister faciliteert het gebruik van Gene Ontology (GO) annotatie informatie voor analyse van grote datasets.

GO bestaat uit een gestructureerde set met standaard termen die het voor de klant mogelijk maken om gemakkelijk en intuïtief specifieke informatie te indexeren en op te vragen. Om een beter inzicht te krijgen in complexe datasets is er naast beschikbaarheid van GO informatie een workflow ontwikkeld voor de visualisatie van genen in metabolische routes. Een simpele link tussen enzym (moleculaire functie) en contigs verkregen uit sequencing data maakt het voor de klant mogelijk om gemakkelijk te zoeken naar de gewenste features.

zie ook: Annotation visualization

terug